Masalah kepupusan beberapa haiwan bukanlah tempat terakhir dalam teori evolusi dan sangat penting dalam pengajaran Darwin. Bilangan spesies yang hidup pada masa ini hanya menempati bahagian yang tidak signifikan dari jumlah haiwan yang pernah muncul di planet ini (kurang dari 1%). 99% kategori akhirnya mati, dan ada banyak sebab untuk ini.
Yang paling rentan terhadap kepupusan adalah haiwan yang terdapat di satu atau lebih tempat di kawasan terhad secara geografi. Sekiranya keseluruhan kawasan telah menjalani aktiviti manusia, maka spesies yang tinggal di dalamnya mungkin akan hilang. Sebab langsung kepunahan beberapa jenis haiwan dalam keadaan semula jadi adalah penurunan jumlahnya di bawah tahap kritikal, yang ditentukan oleh undang-undang genetik penduduk. Kritikal adalah tahap kelimpahan, di mana kemungkinan persimpangan yang berkait rapat menjadi besar, yang menyebabkan penurunan keragaman genetik spesies. Akibatnya, terdapat sebilangan keturunan dengan gangguan kongenital yang meningkatkan kematian pada generasi baru. Spesies yang terbentuk akibat dari satu atau lebih populasi juga mengalami kepupusan yang cepat. Segala kategori boleh hilang akibat kebakaran, gempa bumi, penyakit dan aktiviti manusia. Kategori dengan populasi yang berlainan cenderung untuk pupus. Berbanding dengan yang kecil, haiwan besar mempunyai wilayah individu yang besar. Mereka memerlukan banyak makanan, dan mereka sering menjadi mangsa manusia. Haiwan besar lebih rentan terhadap pemusnahan, bukan hanya karena mereka menjadi mangsa, tetapi juga kerana mereka bersaing dengan manusia dalam perburuan permainan, kadang-kadang menyerang orang dan ternak. Terdapat populasi haiwan yang memakan banyak kawasan. Mereka juga rentan terhadap kepunahan, dengan syarat sebahagian dari kawasan mereka musnah. Dengan perkembangan semula jadi yang semula jadi, perubahan persekitaran memaksa beberapa kategori untuk menyesuaikan diri dengan keadaan baru. Haiwan yang tidak dapat menyesuaikan diri terpaksa berhijrah ke habitat yang sesuai. Jika tidak, spesies mereka terancam kepupusan. Kepesatan pembangunan sumber daya alam mengatasi penyesuaian, menjadikan migrasi sebagai satu-satunya pilihan. Kategori haiwan yang tidak dapat melintasi ladang, jalan raya dan habitat lain yang terganggu pasti akan pupus. Utilitarianisme selalu menjadi prasyarat untuk kepupusan spesies haiwan yang sangat berharga. Eksploitasi berlebihan dapat mengurangkan ukuran penduduk secara drastik. Sekiranya pemburuan tidak diatur oleh undang-undang, maka jenis binatang tertentu mungkin berada di ambang kepupusan.
